Histoire
Les îles sont colonisées aux XI et XIIe siècle par les Novgorodiens. Des côtes de la Carélie ils ont peu à peu ouvert la route des Solovki.
Difficile, le climat a cependant donné naissance à une végétation variée,
toundra, taïga et forêt traditionnelle se mêlent à des espèces rares de fleurs et de plantes qui  parviennent à maturité sous un climat qui peut paraître doux par comparaison avec certaines zones polaires peu éloignées..
Désertes, boisées, solitaires froides et incommodes, les îles devaient bientôt
paraître un lieu privilégié pour les ermites en quête d'austères solitudes pour
y vaquer en paix à la prière et au travail. Ainsi, en 1429, le moine Savatii
quitte-t-il son monastère de Valaam, jugé trop animé et s'installe dans une
petite île avec son compagnon German. Il y meurt assez vite et ne peut être
considéré comme fondateur du futur monastère d'un point de vue historique mais il est encore vénéré comme tel en temps que premier moine des Solovki. Après lui, un autre moine, Zosime, fils de riches marchands abandonne ses biens aux pauvres et s'en va dans les îles. Il y est rejoint par d'autres moines et un premier monastère très modeste d'aspect, où les moines mènent une vie rude liée autant au climat qu'à l'austérité de leur vie, est fondé sur l'île principale.
Les moines voués à l'érémitisme s'installent sur l'une des petites îles, loin de tout, tradition qui perdure aujourd'hui.
A partir de la seconde moitié du XVI siècle, le monastère commence à jouer un rôle politique de premier plan. Dès l'origine il avait servi les intérêts de Novgorod mais avec l'affermissement du pouvoir moscovite, il devient l'une des pièces principales de la défense de la capitale en même temps qu'un centre culturel et spirituel non négligeable. De cette époque date le complexe monastique fortifié. La première forteresse, selon la tradition russe est édifiée en bois mais est bientôt remplacée, sur ordre du tsar, par une épaisse muraille de pierres. Au XVII siècle l'influence politique et morale du monastère se développe encore. Le patriarche Nikon, à l'origine de la correction des textes liturgiques et bibliques qui provoqua un schisme à l'intérieur de l'Eglise y habite quelques temps mais la réforme est mal acceptée des moines qui s'insurgent. Assiégés, ils refusent de se rendre et après plusieurs mois de siège sont éliminés de la façon la plus cruelle en 1676.

Le monastère comme plus largement les îles Solovki sont aussi connus pour avoir
été une des prisons les plus sévères aussi bien de la période tsariste que de
l'époque des soviets.